В 1203 папский легат обязал Кулина и старейшин монастырских общин, называвшихся просто крстяни (христиане), отказаться от ереси и признать главенство Римско-католической церкви. После смерти Кулина Венгрия предприняла ряд крестовых походов против «боснийских еретиков» и в 1250 привела банов к подчинению. Твртко I Котроманич (правил 1353–1391) начавший свое правление как бан и вассал Венгрии, с 1377 года стал королем.
В 13–14 вв. баны и короли Боснии расширили территорию, которая стала последним большим средневековым королевством южных славян. Численности населения страны увеличилась за счет хорватов, а после приобретения Герцеговины (Хум или Хумская земля) страна получила выход к Адриатическому морю.
Босния и Герцеговина первыми из южнославянских областей были захвачены турками: Боснию в состав Османской империи включили в 1463 году, Герцеговину – в 1482 году. Последние боснийские территории (район Яйце) перешли к туркам в 1528 году.
Вся Босния и Герцеговина оставалась под властью османов вплоть до 1718 года, когда ее часть на два десятилетия отошла к Габсбургам.
Босния и Герцеговина становилась ареной соперничества хорватов и сербов. Из-за неурожая 1875 Герцеговину поразил голод. Часть страны выступало за объединение с Сербией, за объединение с Хорватией и за автономию. По решению Берлинского конгресса 1878 Босния и Герцеговина были переданы под власть Австро-Венгрии.
В период управления Боснией и Герцеговиной представителем Австро-Венгрии Беньямином Каллаи фон Надь-Калло (1883–1903) были проложены железные дороги, основаны банки, построены деревообрабатывающие предприятия и табачные фабрики. Восточное ядро города окружили европейские гранитные дома, в Сараеве появились фабрики, заводы и рабочий класс.
Молодое поколение сербских националистов стремилось к объединению с Сербией. Террористам, которые имели контакты с сербской военной разведкой, удалось в июне 1914 убить эрцгерцога Франца Фердинанда, что подтолкнуло Австро-Венгрию к объявлению войны Сербии и послужило поводом для развязывания Первой мировой войны.
28 июня 1914 года террорист Гаврило Принцип застрелил австрийского крон-принца Франца Фердинанда и его супругу Софию в Сараево. Первое покушение на престолонаследника произошло утром, когда кортеж направлялся с железнодорожного вокзала в ратушу. Террористы промахнулись и попали в другую машину. После речи в ратуше Франц Фердинанд поехал в больницу навестить раненых при утреннем покушении.
В конце Первой мировой войны, когда распалась Австро-Венгрия, Босния и Герцеговина вошла в состав нового Королевства сербов, хорватов и словенцев (в 1929–1945 – Королевство Югославия).
В период между двумя мировыми войнами господствовавшая мусульманская партия – Югославянская мусульманская организация (ЮМО) – боролась за автономию Боснии и Герцеговины, но король Александр I Карагеоргиевич (1921–1934) после объявления королевской диктатуры в 1929 разделил Боснию и Герцеговину на несколько бановин.