А потом Ваню отправили в духовное училище. Грустно было расставаться с родным домом, с любимой старинной церковью, с полями, где по вечерам он часто встречал закат. Начались долгие уроки, а спали ребята в больших общих комнатах по двадцать человек. Да к тому же совершенно не давалась Ване учёба. Сидит на уроке, слушает, слушает, а потом спросит его учитель: «О чём я сейчас говорил?» – а Ваня молчит и вспомнить ничего не может. Так же и с учебником: еле-еле прочтёт страничку, попытается пересказать, а в памяти ничего не держится.
Одноклассники смеялись над ним, а преподаватель даже родителям написал, что, скорее всего, придётся Ваню из училища забрать. Стыдно было мальчику и родителей жалко. Они так хотели, чтобы он в люди вышел, а без учёбы даже и дьячком, как отец, не станешь. Сгодишься только коров пасти. Одно средство оставалось – молитва. Вот и начал по старой привычке Ваня по ночам молиться. Все ребята спят. В окно луна смотрит, а он – на колени и молится со слезами.
«Однажды во время такой молитвы вдруг точно потрясло меня всего, – вспоминал потом батюшка. – У меня точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове. И мне ясно представился учитель, урок того дня, и я вспомнил даже, о чём и что он говорил. И легко, радостно стало на душе. Никогда я не спал так спокойно, как в эту ночь. Чуть засветлело, я вскочил с постели, схватил книги, и – о счастье! – читаю гораздо легче; понимаю всё. А то, что прочитал, не только всё понял, но хоть сейчас и рассказать могу. В классе сиделось мне уже не так, как раньше: всё оставалось в памяти. Дал учитель задачу по арифметике – решил; и похвалили меня даже».