Статья посвящена разработке графоаналитического метода и комплекса поддерживающих его экономико-математических моделей, обеспечивающих формирование экономически обоснованной структуры информационной системы предприятия. На основе аппарата теории графов предложены показатели оценки топологических свойств информационной структуры предприятия и степени взаимодействия структуры, а также обобщающий показатель качества информационной системы. Показана необходимость сочетания технической и экономической оценок структуры информационной системы.