Однако же некоторые факты опровергают слабоумие Фёдора. Так, царь прекрасно разбирался в богословских вопросах; при этом его мало волновало государственное управление, а власти он боялся как "повода к грехам". Царь Фёдор любил уединение, а еще любил, забравшись на колокольню, звонить в колокол (и делал это весьма искусно), за что получил от Грозного прозвище пономарь.
Не исключено, что царь-молчальник переживал какую-то форму аутизма. Но кто же в XVI веке разбирался в таких нюансах?
Понимая, что этому молчальнику и пономарю править, Иван Грозный незадолго до смерти составил из пяти доверенных лиц регентский совет, в котором очень быстро занял первые позиции родственник царя боярин Борис Фёдорович Годунов. Царю он приходился шурином, братом горячо любимой жены Фёдора Ирины Годуновой. Годунов, по сути, являлся настоящим правителем Россией вплоть до смерти Фёдора Иоанновича в 1598 году; даже иностранцы знали: Фёдор царствует, а Борис правит. Политика Фёдора Иоанновича – это политика Бориса Годунова.
Благодаря Годунову в годы правления Фёдора Иоанновича возрос авторитет царской власти как внутри страны, так и за границей. В 1589 году в России учреждено свое патриаршество, и русская церковь стала полностью независимой. Крепостник был, конечно, как и Грозный: в 1597 году были законодательно введены урочные лета: пятилетний срок сыска беглых крестьян – и в том же году усилена зависимость холопов: кабальные холопы (кто подписывал кабалу, т.е. долговую грамоту) теперь лишались права стать после выплаты долга свободными и закреплялись за своим владельцем, а добровольные холопы (такие, которые кабалы не подписывали и служили в вотчине или поместье как вольнонаемные, раньше они могли в любой момент уйти) после полугода работы превращались в полных холопов. Стать свободными те и другие могли теперь только после смерти хозяина.